在線微量氧分析儀的原理主要有化學電池法、原電池法、燃料電池法、赫茲電池法和濃差電池法。而在進行微量氧分析時，由于空氣中氧含量高，故而如果處理不當極易造成對樣品的污染和干擾，出現分析結果數據不正常。以下是測試過程中需要注意的各個方面。
1.泄漏：在線微量氧分析儀在初次啟用前必須嚴格檢漏。儀器只有在嚴密不漏的前提下，才能獲得準確數據結果。任何連接點，焊點，閥門等處的不嚴密，將會導致空氣中的氧反滲進入管道及儀器內部，從而得出含氧量偏高的結果。
2.污染：在重新使用儀器時，首先須注意在連接取樣管路時是否漏入空氣。并且必須認真將漏入空氣吹除干凈，盡量不使大量氧氣通過傳感器以延長傳感器壽命。在管道系統凈化過程中，為縮短凈化時間，需要有一定的方法，一般使用高壓放氣及小流量吹除交替進行可迅速凈化管道。
3.氣路系統的簡化及潔凈：微量分析要求必須有效排除氣路上的各種管件，閥門，表頭等中的死角對樣氣造成的污染。因此，應盡可能簡化氣路系統，選用死角小的連接件等。并且，避免使用水封，油封及臘封等設備，防止溶解氧逸出造成污染，更需避免在樣氣引出至儀器進口的管線上增加易造成污染的凈化設備等。只有這樣才能保證系統潔凈，所得數據準確。
4.干擾雜質的影響：干擾雜質主要指除背景氣和待測組分外存在的少量未知雜質，如燃料電池式微氧儀對酸性、氧化性氣體敏感，如果氣體中含有酸性氣體成分，如CO2，H2S，HCl，HCN等，則燃料池傳感器易中毒失效。而微量的還原性氣體對氧化鋯式微氧儀的分析結果產生影響，最近又發現微量的N2O對氧化鋯式微量氧分析儀產生影響，所以在檢測時要充分考慮到雜質的存在，選擇恰當的在線微量氧分析儀，才能得到準確的結果。
